数学教育实验中心建立适应全方位开放的实验室管理体制，通过网络实验预定、直接预定、按计划实验预定、学生插空自由进入实验室等多种实验方式，最大限度地提高实验室开放时间。利用先进的机房管理系统及其他教学手段，使每次的实验可以利用的设备最多，将原来分散管理的设备统一调配和管理，提高设备资源的利用率。建立良好的实验室资源共享运行机制，保证资源充分共享。

为了让中心高效、有序地运作，学校在组织机构、建设资金、硬件设施等各方面进行保障。

为了规范中心的建设和管理，提高中心的综合能力和整体效益，学校已经制定了各级管理制度和规定。包括：《南京信息工程大学实验室人员考核办法》、《南京息工程大学实验室专职实验员岗位职责》、《南京信息工程大学长望竞赛实验班管理办法》等等。

中心采用了科学合理的教学评价方法，严格监控教学质量，保障了正常的实验教学运行和实验室开放。